La Chiesa della Compagnia, risalente presumibilmente al Medioevo, era situata fuori dalla seconda cinta muraria dell’abitato di Scrofiano. Solamente in seguito questa cappella fu inclusa nella terza cinta e incassata nelle mura come appare tutt’oggi. Questa chiesa era di fatto un ricovero per i viandanti che raggiungevano Scrofiano dalla zona della valle che nel tardo 400 era soggetta a continue inondazioni. La piccola cappellina fu ampliata solamente a partire dalla fine del 500 quando un gruppo di persone di buona volontà decise di andare a Siena per chiudere di utilizzare parte delle mura diroccate per allargare l’edificio e farla diventare una chiesa a tutti gli effetti.